如來藏能直接實現眾生的業果報，不必經過意根的思心所，因果酬嘗不由七識作主；如來藏直接讓色身長大衰老，不由七識作主；如來藏直接促使色身生滅變異、改變生存環境和業緣，不由七識作主。

眾生今世造作的業行，如來藏都會存儲起來，包括身口意的每個細節，一絲不留，全部以業種的形式記錄存儲。後世緣熟，如來藏輸出業種，眾生就要按照自己的業種生活和受報。

這些業種都與意根相應，因為意根生生世世存在不滅，一直帶著這些業到未來世，直到受報完了，業種消失。而六識是新出生的，不帶業種，但是會受意根的熏染而表現出各種習氣煩惱。